正如财政部、税务总局在新闻通稿中所说的，《财政部税务总局关于非货币性资产投资企业所得税政策问题的通知》(财税〔2014〕116号)实际就是2013年11月财政部、税务总局关于上海自贸区内企业以非货币性资产对外投资等资产重组行为有关企业所得税先行先试政策的一个全国推广(财税〔2014〕91号)。从条款内容上看基本一样。
他们最大的差别在于：91号文第八条第二款规定：本通知所称非货币性资产对外投资等资产重组行为，是指以非货币性资产出资设立或注入公司，限于以非货币性资产出资设立新公司和符合《财政部税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》(财税〔2009〕59号)第一条规定的股权收购、资产收购。而116号文第五条第二款规定：本通知所称非货币性资产投资，限于以非货币性资产出资设立新的居民企业，或将非货币性资产注入现存的居民企业。换句话说，在当时上海自贸区的91号文下非货币资产对外投资要享受优惠，要么你把非货币资产对外投资成立新企业，但如果要注入现存企业则必须符合59号文资产收购或股权收购的条件。但116号文则放宽了，你设立新公司可以，投到现存的居民企业也行。
去年就上海自贸区的这个政策专门写了一篇文章，已经发在《财务与会计》杂志2014年12期上，就其政策执行中的相关问题进行了非常详细的说明。这里，就把其中作为一部分即涉及到这个政策实际操作中需要把握的一些要领摘录如下：
第一部分：59号文与116号文适用的差异点分析
一是59号文对于股权收购和资产收购的比例要求很高，必须达到75%以上(现降为50%)。但是，如果企业仅仅是用部分非货币性资产对外投资，比如B企业的股东仅用其持有B企业50%的股权或B企业仅用其20%的非货币资产对外投资，达不到59号文的比例条件，则不能适用;
二是，59号文要求企业重组后的连续12个月内不改变重组资产原来的实质性经营活动，即有经营连续性的考量。但116号文不需要这个条件。
三是，相对于59号文，116号文适用范围更宽。对于59号文的对外投资行为，无论是资产收购还是股权收购，都必须是在现存的两个企业之间的行为。对于企业用非货币性资产对外投资成立新企业的行为，59号文是无法使用的。但是，符合116号文条件的企业，其发生的以非货币性资产出资设立新公司的行为可以适用5年递延纳税。
四是对于被投资企业而言，如果适用59号文的特殊性税务处理，其取得股权或资产的计税基础必须以该股权或资产的原有计税基础确认。但是，如果适用116号文，不管投资企业是一次性纳税还是分5年递延纳税，被投资企业取得资产的计税基础都是按公允价值确认，这一点也正是116号文相对于59号文最大的差异之处。即投资方以5年递延纳税的代价，换取了被投资方可以立即按资产的公允价值在税前扣除成本或折旧(摊销)。
第二部分：116号文实际操作中应把握的要领
企业在运用116号文时，应重点把握如下几方面的问题：
第一并非所有适用59号文特殊性税务处理的资产收购和股权收购行为都可以适用116号文，这是所有企业特别要注意的。因为，59号文规定，在资产收购和股权收购中，符合特殊性税务处理的股权支付，是指企业重组中购买、换取资产的一方支付的对价中，以本企业或其控股企业的股权、股份作为支付的形式。同时，税务总局关于发布《企业重组业务企业所得税管理办法》的公告(税务总局公告2010年第4号，以下简称4号公告)规定：第二条所称控股企业，是指由本企业直接持有股份的企业。比如，A企业收购B企业100%的实质性经营资产，但支付的对价不是A企业自身的股权，而是A企业子公司C的股权。此时，按照文件59号文和4号公告的规定，该行为是符合特殊性税务处理的。但是，该行为并非是B企业的非货币性资产对外投资行为，而是A企业和B企业之间发生的非货币性资产交换行为，即A企业用其持有的子公司C的股权作为一项非货币资产(长期股权投资)和B企业的非货币性资产进行交换，不符合116号文的以非货币资产对外投资的定义(股权收购同样如此)。因此，如果被收购企业取得的不是收购企业自身的股权，而是其持有的控股公司的股权，此时，企业只能选择按照59号文享受特殊性税务处理，无法按照116号文适用特殊性税务处理。
第二，适用116号文时，投资企业取得的非股权支付额同样需要按照59号文的规定在当期立即纳税，同时投资企业取得被投资企业股权的计税基础应用其投资的非货币资产的原有计税基础减去非股权支付，加上因非股权支付确认的所得。这一点，116号文没有说，但是，这应该是应有之意。对于企业用非货币资产对外投资成立新企业没有这个问题。但是，如果企业用非货币资产注入现存企业就存在这个问题。假设B企业将其一项非货币资产，账面价值100万，公允价值200万投资到A企业。A企业支付的对价是公允价值为150万的股权和50万的现金。此时，B企业只有对于取得股权的部分，即投资行为可以递延5年纳税，但是对于资产销售直接取得现金的部分，当期必须立即纳税，不能递延。非股权支付部分的应纳税额计算方式就用59号文的规定，即非股权支付对应的资产转让所得或损失=(被转让资产的公允价值-被转让资产的计税基础)×(非股权支付金额÷被转让资产的公允价值)。即，此时B企业对于50万的现金部分，应确认25万所得，当期一次性纳税。剩余的75万所得递延5年纳税。同时，B企业取得A企业股权的计税基础为75万(100-50+25)。但是，A企业取得B企业非货币资产的计税基础，按照116号文的规定，应按公允价值200万确认。
第三，企业发生的资产收购或股权收购行为，如果同时符合59号文的特殊性税务处理和116号文的特殊性税务处理，应该如何进行选择，这也是一个非常重要的问题。我们以一个资产收购的案例来看一下，假设A企业用其100%的实质性经营资产(计税基础100万，公允价值200万)，投资到企业B，取得的对价100%为B企业的股权。不考虑其他情况，这是一个既符合59号文特殊性税务处理的资产收购，也符合116号文特殊性税务处理的非货币资产对外投资行为。如果适用59号文，A企业取得B企业股权的计税基础是100万，C企业取得B企业资产的计税基础也是100万。如果适用116号文的特殊性税务处理，A企业可以将100万的评估增值分5年递延纳税，每年确认20万的所得。但是，B企业可以按公允价值200万确认取得资产的计税基础。这里有个关键的差异需要大家关注。按照116号文，只要A企业对评估增值部分5年确认纳税了，B企业就可以按公允价值确认资产的计税基础。但是，在59号文的特殊性税务处理下，即使A企业在取得B企业股权12个月后，将股权按公允价值出售，已经将对外投资环节的评估增值在股权转让环节确认纳税了，但是，B企业取得A企业资产的计税基础仍然只能按原有计税基础确认，而不能调整为公允价值。对比59号文和116号文的特殊性税务处理，这里就展出了大家广为质疑的59号文针对资产收购(股权收购)特殊性税务处理中可能存在的重复征税的问题。但是，59号文的规则本身并不错，因为这是由于企业所得税制度的特点决定的。因为企业所得税中对于清算环节企业股东取得的相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积中按该股东所占股份比例计算的部分，会确认为股息所得享受免税待遇。因此，A企业股权转让环节就评估增值确认的所得会在股权受让方在B企业清算环节确认损失。因此，整体来看，并没有重复征税。明白了这个重要的差异，企业在选择适用59号文和116号文时，就应该根据投资和被投资企业的实际情况，做到心中有数了。
第四、关注非货币资产评估价值和双方认可价值不一致产生的税收风险问题。116号文规定，投资企业和被投资企业都是以被投资资产并按评估后的公允价值作为税务处理的依据。但是，在实践中，企业用非货币资产对外投时，非货币资产的评估价格和双方确认的作价投资金额之间不一致的情况。比如，A企业用其持有的C企业股权对B企业投资，C企业股权按照评估报告确认的价值是1000万，但是A和B在参考评估报告后，综合各方面因素，双方协商后达成一致意见，A企业只能以该股权作价600万作为出资额对B企业投资(假设交易真实，不存在虚假交易或其他关联交易情况)。此时，究竟双方是按1000万还是600万进行税务处理呢?从116号为规定来看，毫无疑问应该是按1000万进行税务处理。但是，双方在会计上都是按600万进行会计核算并办理增资手续的。由于税法和工商实际增资行为以及会计处理都存在差异，双方会存在一定的税收风险。在实务中，企业如果要适用116号文的规定，还是尽量避免这种问题的出现。
